HiC Pro的Singularity簡明使用指南

關於原理部分和更詳細的介紹，見hic-pro: hi-c資料預處理高效工具, 這裡只介紹如何快速使用singularity的hic-pro進行資料分析。

關鍵內容就是，config-hicpro.txt 裡的檔案路徑資訊都必須是絕對路徑，否則預設都位於annotation目錄下。切記，切記，切記。

mkdir -p /opt/biosoft/hic-pro

cd /opt/biosoft/hic-pro

wget

# 使用

singularity exec /opt/biosoft/hic-pro/hicpro_latest_ubuntu.img hic-pro -h

第一步：建立輸入資料資料夾, 資料不能是軟連線形式，只能是複製或者移動

mkdir -p fastq/***

cp ***_r1.fastq.gz ***_r2.fastq.gz  fastq/***/
# 如果有多個樣本
mkdir -p fastq/yyy
cp yyy_r1.fastq.gz yyy_r2.fastq.gz  fastq/yyy/

enzyme=dpnii

# build reference
mkdir reference
mv 你的參考序列.fasta  reference/genome.fa
# enzyme site
singularity exec /opt/biosoft/hic-pro/hicpro_latest_ubuntu.img \
/usr/local/bin/hic-pro_2.11.4/bin/utils/digest_genome.py -r $enzyme \
-o reference/genome_$.bed reference/genome.fa
# genome size
seqkit fx2tab -nl reference/genome.fa | awk '' > reference/genome.chrom.size
# bowtie/2.3.4.3
singularity exec /opt/biosoft/hic-pro/hicpro_latest_ubuntu.img \
bowtie2-build --threads 60 reference/genome.fa reference/genome

# config

singularity exec /opt/biosoft/hic-pro/hicpro_latest_ubuntu.img \
cp /usr/local/bin/hic-pro_2.11.4/config-hicpro.txt  config-hicpro.txt

第四步：執行

singularity exec /opt/biosoft/hic-pro/hicpro_latest_ubuntu.img hic-pro -i fastq -o results -c config-hicpro.txt ```

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