記錄centos7.5中配置lefse過程中遇到的問題
- r
- r libraries: splines, stats4, survival, mvtnorm, modeltools, coin, mass
- python libraries: rpy2 (v. 2.1 or higher)
, numpy, matplotlib (v. 1.0 or higher)
, argparse
sudo python setup.py install
報錯： /bin/ld: cannot find -lr
找到r lib路徑下的幾個檔案：「librblas.so」 「libr.so」 「librlapack.so」
一般在這幾個地方：
「/usr/local/lib64/r/lib/」
「/usr/local/lib/r/lib/」
「/usr/lib64/r/lib/」
「/usr/lib/r/lib/」
如果沒有，據說要重新裝r，並且在編譯的時候加上： ./configure --enable-r-shlib 引數
ln -s `/usr/local/lib64/r/lib/
/usr/lib/（/usr/lib64）`
測試lefse：
python run_lefse.py --help 繼續報錯：
importerror: no module named singledispatch
python setup.py再來測試lefse：python run_lefse.py --help
沒有顯示報錯了，因為我有伺服器的root許可權，所以配置相關檔案的時候比較方便，目前還不知道沒有root許可權怎麼操作。
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