客戶端/服務端之間採用tcp/udp的通訊方式，攻擊者控制的是相應的客戶端程式，伺服器端程式是木馬程式，木馬程式被植人到毫不知情的使用者的計算機中。以「裡應外合」的工作方式工作，服務程式通過開啟特定的埠並進行監聽，這些埠好像「後門」一樣，所以，也有人把特洛伊木馬叫做後門工具。攻擊者所掌握的客戶端程式向該埠發出請求( connect request)，木馬便與其連線起來。攻擊者可以使用控制器進人計算機，通過客戶端程式命令達到控**務器端的目的。
一般來說，乙個設計成熟的木馬都有木馬配置程式，從具體的配置內容看，主要是為了實現以下兩個功能。
**（1）木馬偽裝：**木馬配置程式為了在伺服器端盡可能隱藏好，會採用多種偽裝手段，如修改圖示、**檔案、定製埠、自我銷毀等。
**（2）資訊反饋：**木馬配置程式會根據資訊反饋的方式或位址進行設定，如設定資訊反饋的郵件位址、irc號、icq號等。
木馬程式傳播給對方後，接下來是啟動木馬。一種方式是被動地等待木馬或**木馬的程式被主動執行，這是最簡單的木馬。大多數首先將自身複製到windows的系統資料夾中(c:windows或c:\windows\system32目錄下)，然後寫人登錄檔啟動組，非啟動組中設定好木馬的觸發條件，這樣木馬的安裝就完成了。一般系統重新啟動時木馬就可以啟動，然後木馬開啟埠，等待連線。
前面的步驟完成之後，就是最後的目的階段，對伺服器端進行遠端控制，實現竊取密碼、檔案操作、修改登錄檔、鎖住伺服器端及系統操作等。
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