C語言實戰課將FASTQ轉成FASTA

我這次學習c語言的目的非常單純，就是嘗試將c語言應用在日常的分析任務重，解決實際問題。既然如此，那麼第一課就不是列印"hello world!" 了，畢竟說了那麼多次世界你好，依舊寫不好**。

我們第一課直接就來處理乙個實際的小需求，讀取fastq，將其轉成乙個fasta。處理這個問題和把大象放進冰箱裡一樣，都是分為三步，讀取資料，處理資料，輸出資料。其中第一步和第三步都是和檔案打交道，而第二步考驗的是對演算法，資料結構和記憶體等有關知識對理解。

我們應該如何讀取資料呢？如果r語言，我會用readlines("input.fasta")直接讀取所有的資料。如果是我以前用的python, **會是下面的樣子

fi = open("input.fasta", "r")
for line in fi.readline():
print(line)
fi.close()

乍看起來，r好像比python寫的**要少很多。但其實python也可以一行完成，[line for line in open("input.fasta", "r"]。將資料輸出到外部也差不多，基本上都能一行命令搞定。

總之，當你發現自己的**可以少寫了，其實是有人幫你簡化了。

回歸到c語言，所有的讀寫操作其實就是簡單地將位元組逐個移入程式中，將位元組逐個從程式中移出而已，類似於水流動的感覺。

我們要讓程式讀取資料和輸出資料，就相當於要搞乙個水管，把水引過來。下面**就是用file *宣告了fi和fo這兩根水管

file *fi;
file *fo;

然後我們還需要把水管接到水流上。下面**的fopen就是將我們之前對兩根水管分別接到了輸入檔案和輸出檔案上，引數中的"r"表示讀取(read), 而"w"表示寫出(write)。

fi = fopen("input.txt", "r");
fo = fopen("output.txt", "w");
//確保檔案能夠正常開啟
//否則退出
if ( fi == null )

水管接上了，那麼如何開啟水閥，讓水不斷地流入流出呢？一種是逐個字元操作，一種是逐行操作。前面的方法更加基礎，因為逐行讀取就是不斷的讀取乙個個字元，當碰到換行符時，就把前面的字元合在一起，以字串的形式傳遞，輸出是以行為單位，每一行也是乙個個字元的寫出。

通常讀取和寫出都伴隨著資料處理，因此這部分放到實際資料處理進一步介紹。

最後關閉水龍頭，我們需要用到fclose()

fclose(fi);
fclose(fo);

有了一些檔案讀寫的基本概念之後，我們就可以開始動手寫**了。

根據fastq和fasta的格式定義，fasta是一行以>開頭的序列表示，之後跟著n條序列。而fastq則是標準的4行，第一行是以@開頭的序列標示符，第二行是序列，第三行以+開頭，第四行是第二行序列對應的質量資訊。處理過程描述如下

下面實際的**

#include #include #define max_line_length 1000
int main(int argc, char *ar**)
else if (argc == 3) else 
char line[max_line_length];
int count=0;
while ( fgets(line, max_line_length, fi) != null )
if (count < 2) else
}if (++count > 3)
}fclose(fi);
if (argc == 3) fclose(fo);
return 0;
}

具體使用方法為

./fq2fa input.fq output.fa

目前****比較簡陋，至少存在下面這些問題

根據這些需求，我們就有了學習的目標，也就是後面課程的內容。

C語言實戰課將FASTQ轉成FASTA

C語言實戰（一）

C語言實戰（二）

將matlab的m檔案轉成C語言

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