python按關鍵字列表查詢並輸出其所在行

#!/usr/bin/env python

# -*- coding: utf-8 -*- 
__author__ = 'shengwei ma'
__author_email__ = '[email protected]'
with open('3.txt', 'r') as f1:
a = set(line.strip() for line in f1)
with open('wheat_est_gi.fa.gff3', 'r') as f:
for line in f:
line1 = line.strip().split('\t')
name = line1[8].split(';')[1].split('=')[1]
if name in a:
print line,

如：error：indexerror: list index out of range，參考了indexerror: list index out of range的錯誤原因及解決方案

改正後的**:

#設定輸出檔名稱，w為可寫

out = open('e:/test/find.txt','w') 
#輸入關鍵字列表.txt，r為唯讀
with open('e:/test/keyword.txt','r') as keyword: 
keyword2=set(line.strip() for line in keyword)
#輸入需要查詢的檔案
with open('e:/test/g005.gff3','r') as gff:
for line in gff:
#分成9列
line1=line.strip().split('\t',8)
#print(line1)
#解決indexerror: list index out of range問題
try:
#第9列，選取"id="和".v3"之間的字段
name = line1[8].split('id=')[1].split('.v3')[0]
except:
continue
#print(name)
#判斷name是否在keyword2裡，如果是，則輸出
if name in keyword2:
#print (line)
out.write(line)

\r \t \n

.split()

關鍵字搜尋查詢列表

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