bioconductor開發的物種注釋包系列集合了乙個物種不同**的注釋資訊，能夠根據基因id對其進行多種**的注釋，比如說基因的別名，基因的功能等。
at1g13970 na na
at1g14120 na na
at1g14240 na na
at1g14600 na na
img這下就非常有趣了，在原始檔案中能搜尋到的基因用bioconductor的物種注釋包時卻沒有注釋資訊！為了搞清楚這個原因，我花了快半個下午的時間去折騰，終於被我找到了原因。 我分別用乙個能被org.at.tair.db注釋和乙個不能被org.at.tair.db的注釋去搜尋原始文字.
# 無注釋
1 at1g14185.1
2 protein_coding
3 glucose-methanol-choline (gmc) oxidoreductase family protein
45 glucose-methanol-choline (gmc) oxidoreductase family protein; functions in: ...
# 有注釋
1 at1g19610.1
2 protein_coding
3 arabidopsis defensin-like protein
4 predicted to encode a pr (pathogenesis-related) protein. ...
5 pdf1.4; functions in: molecular_function unknown;
於是我就放棄了用org.at.tair.db注釋基因功能描述和基因別名了，還是自己寫乙個python指令碼進行注釋吧。
下面這個指令碼只適用於bed格式的輸入，且第四列為轉錄本id，另外兩個輸入檔案分別為」gene_aliases_20140331.txt」和」tair10_functional_descriptions_20140331.txt」， 用法為
python bed_anno.py to_anno.bed gene_aliases_20140331.txt tair10_functional_descriptions_20140331.txt > anno.xls
import sysfrom collections import defaultdict
bed_file = sys.ar**[1]
alias_file = sys.ar**[2]
func_file = sys.ar**[3]
alias_dict = defaultdict(list)
func_dict = defaultdict(list)
# read alias file
for line in open(alias_file, 'r'):
items = line.strip().split('\t')
alias_dict[items[0]] = items[1:]
# read function description file
for line in open(func_file, 'r'):
items = line.strip().split('\t')
func_dict[items[0]] = items[1:]
# annotation and output
for line in open(bed_file, 'r'):
transcript_id = line.strip().split("\t")[3]
gene_id = transcript_id.split(".")[0]
gene_alias = alias_dict[gene_id] if len(alias_dict[gene_id]) > 0 else ['']
gene_func = func_dict[transcript_id] if len(func_dict[transcript_id]) > 0 else ['']
gene_anno = '{}\t{}\t{}'.format(line.strip(), gene_alias[0], '\t'.join(gene_func))
print(gene_anno)
不要輕易相信ALV
近日發現一詭異顯現，2lis 02 scl採購資料上傳時，資料量字段 例如cpquabu 資料上到dso時，數量被放大了十倍 如psa數量為6，到了dso後變為60 經除錯，例程中未做任何處理。但是執行報表的時候資料顯示又是正確的。原來是alv在作怪。用alv顯示dso資料時，系統自動調整小數字數為...
不要相信 errno 可靠
最近發現第3方提供的 api，引起記憶體不斷增大，如下 int retval kill pshareddata regbuffpids i 0 if retval 0 else if errno eperm else if errno einval else if errno esrch 它用 ki...
不要相信 errno 可靠
最近發現第3方提供的 api，引起記憶體不斷增大，如下 int retval kill pshareddata regbuffpids i 0 if retval 0 else if errno eperm else if errno einval else if errno esrch 它用 ki...