hla(human leukocyte antigen ，人類白細胞抗原)是人類的主要組織相容性複合體（mhc）的表達產物，該系統是目前所知人體最複雜的多型系統。通過hla的分型，可以找到疾病的原因，比如免疫系統疾病，超過90%的強直性脊柱炎患者，hla-b*27抗原表達為陽性，最常見的就是hla-b*27:04是致病風險亞基。要檢視hla相關的分型的臨床表現，可以去snpedia檢視。
hla-alleles提供了每個hla區域的分型表
比如：hla-b的分型
這裡用了b*07:02:01:01這個分型作為參照組，下面的都是對照組， 其中，「—」表示的是缺失，「*」表示的相同。然後和參照組不一樣的就會直接的列出agtc。
確定分型：
1.用一代測序的方法
①拿到已經設計能擴充套件b區的引物，然後通過sanger測序，得到下機的資料。在輸出測得的序列，通過和hla-b區的這個分型表進行比對（blast），就可以得到分型結果。
例如：muscle用法
muscle -in hla-b.txt -out hla-result.fasta -clwr的sangerseqr處理ab1檔案 用法
2.用二代測序的方法
比如有全基因資料，可以判斷hla的分型。seq2hla
seq2hla用法：
首先把fastq按照每端進行合併成兩端資料，然後
python /software/seq2hla/seq2hla.py -1 $sample1 -2 $sample2 -r ./filename/name > results.txt3.hla分型試劑盒
lead sponsors家的hla分型試劑盒是最領先的最準確的。再配合他家的非賣品分型軟體（hla sbt utype），效果非常好。
其他摸索工作就不寫了。都是一把辛酸淚呀。
blast比對可以在ncbi網頁上進行，也可以本地進行，一般不建議在本地執行
makeblastdb -in cds.seq.file -dbtype nucl -parse_seqids -out db.prefix
blastn -db db.prefix -query dna.fasta -value 0.00001 -outfmt "3 qseqid, sseqid, pident, qcovs" -perc_identity 0.90 -out out.path.file
分型的遞迴輸出
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