拿到fastq檔案後，要進行比對和排序
第一步是對reference建立索引
bwa index -a bwtsw $reference #對於大基因組建立fm-index
#bwa index -a is ref.fasta #對小基因組建立index，速度快，記憶體消耗大
# 2.使用bwa men 比對
mkdir -p ../fina1_bam
cat srr_acc_list.txt|while read line
do $bwa mem -t 16 -m -y -r "@rg\tid:$line\tpl:illumina\tlb:$line\tsm:$line" $reference ../bam/$.fastq.gz | $samtools view -sb -t 16 -f bam > ../fina1_bam/$.bam &&
echo "** $ bwa mem done **"
# 3.排序
$samtools sort -@ 16 -m 4g -o bam ../fina1_bam/$.bam -o ../fina1_bam/$.sorted.bam && \
$samtools index ../fina1_bam/$.sorted.bam
echo "** $ sorted raw bam file done **"
done
批量檔案比對
前幾天就有研發人員發現了相同網元的兩台機器的配置檔案有些不同的地方，今天無聊就幫研發人員將這些差異比對出來。研發自己有比較工具，這個指令碼太複雜，而且為了配合使用這個指令碼還寫了9頁的指導文件，因為懶得看文件和熟悉那個超複雜的指令碼，就用我自己的方式來比對。本著懶人原則，用最簡單的語句，搞定最複雜的...
和 對比 對比
對比是為了避免頁面上的元素太過相似。元素中如字型 顏色 大小 線寬 形狀 空間等不相同，那就乾脆讓它們截然不同。要讓頁面引人注目，對比通常是最重要的乙個因素。要記住乙個重要規則 要想實現有效的對比，對比就必須強烈。對比的目的 對比是增加頁面視覺效果的最有效途徑，也是在不同元素之間建立一種有組織的層次...
人臉識別和人證比對
提到人臉識別，想必大家都不陌生，內行人一看就懂，外行人會覺得很神奇，隨著科技的發展，實名登記和安檢技術也在不斷地公升級，從之前的只有身份證登記逐漸向多元化轉變，指紋 人臉 聲音等逐漸的和證件識別相結合。而人臉識別是逐漸成為主流的識別手段。今天就簡單聊一下人臉識別，人證比對。廣義的人臉識別實際包括構建...