h5py是python建立和操作hdf5格式的乙個模組。
h5py提供了乙個mpi介面,支援同時對乙個hdf5檔案進行並行操作。通常情況下,我們使用 pip install modulename 或 conda install modulename 來安裝python模組。但是這裡要想使用mpi驅動,前提是系統有mpi環境以及安裝h5py時需要以mpi mode進行編譯。所以此處(linux下)首先安裝hdf5:
$ tar zvxf hdf5-***.tgz
$ ./configure --prefix=/usr/local/hdf5 #安裝路徑
$ make
$ make check # run test suite.
$ make install
$ make check-install # verify installation.
然後安裝mpi環境:
$ tar xzvf mpi-***.tgz
//進入解壓後的安裝目錄
$ make
$ make install
//配置環境變數
$ export path=$path:/usr/local/mpi/bin
$ export manpath=$manpath:/usr/local/mpi/man
然後,手動安裝h5py模組(以mpi模式編譯):
$ export cc=mpicc
$ python setup.py configure --mpi [--hdf5=/usr/local/hdf5]
$ python setup.py build
p.s. 配置環境時重要的一點是對應安裝路徑,尤其是環境變數的路徑 python庫 h5py入門講解
h5py檔案是存放兩類物件的容器,資料集 dataset 和組 group dataset類似陣列類的資料集合,和numpy的陣列差不多。group是像資料夾一樣的容器,它好比python中的字典,有鍵 key 和值 value group中可以存放dataset或者其他的group。鍵 就是組成員...
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h5py 必知 String儲存
1.h5py 檔案介紹 乙個h5py檔案是 dataset 和 group 二合一的容器。1.dataset 類似陣列組織的資料的集合,像 numpy 陣列一樣工作 2.group 包含了其它 dataset 和 其它 group 像字典一樣工作 看下圖 通過上圖,我們可以知道 h5py 檔案就像是...