/usr檔案系統
/usr 檔案系統經常很大，因為所有程式安裝在這裡. /usr 裡的所有檔案一般來自linux distribution；本地安裝的程式和其他東西在/usr/local 下.這樣可能在公升級新版系統或新distribution時無須重新安裝全部程式.
/usr/x11r6
x window系統的所有檔案.為簡化x的開發和安裝，x的檔案沒有整合到系統中. x自己在/usr/x11r6 下類似/usr .
/usr/x386
類似/usr/x11r6 ，但是給x11 release 5的.
/usr/bin
幾乎所有使用者命令.有些命令在/bin 或/usr/local/bin 中.
/usr/sbin
根檔案系統不必要的系統管理命令，例如多數服務程式.
/usr/man , /usr/info , /usr/doc
手冊頁、gnu資訊文件和各種其他文件檔案.
/usr/include
c程式語言的標頭檔案.為了一致性這實際上應該在/usr/lib 下，但傳統上支援這個名字.
/usr/lib
程式或子系統的不變的資料檔案，包括一些site-wide配置檔案.名字lib**於庫(library); 程式設計的原始庫存在/usr/lib 裡.
/usr/local
本地安裝的軟體和其他檔案放在這裡.
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/var檔案系統
/var 包括系統一般執行時要改變的資料.每個系統是特定的，即不通過網路與其他計算機共享.
/var/catman
當要求格式化時的man頁的cache.man頁的原始檔一般存在/usr/man/man* 中；有些man頁可能有預格式化的版本，存在/usr/man/cat* 中.而其他的man頁在第一次看時需要格式化，格式化完的版本存在/var/man 中，這樣其他人再看相同的頁時就無須等待格式化了. (/var/catman 經常被清除，就象清除臨時目錄一樣.)
/var/lib
系統正常執行時要改變的檔案.
/var/local
/usr/local 中安裝的程式的可變資料(即系統管理員安裝的程式).注意，如果必要，即使本地安裝的程式也會使用其他/var 目錄，例如/var/lock .
/var/lock
鎖定檔案.許多程式遵循在/var/lock 中產生乙個鎖定檔案的約定，以支援他們正在使用某個特定的裝置或檔案.其他程式注意到這個鎖定檔案，將不試圖使用這個裝置或檔案.
/var/log
各種程式的log檔案，特別是login (/var/log/wtmp log所有到系統的登入和登出) 和syslog (/var/log/messages 裡儲存所有核心和系統程式資訊. /var/log 裡的檔案經常不確定地增長，應該定期清除.
/var/run
儲存到下次引導前有效的關於系統的資訊檔案.例如， /var/run/utmp 包含當前登入的使用者的資訊.
/var/spool
mail, news, 列印佇列和其他佇列工作的目錄.每個不同的spool在/var/spool 下有自己的子目錄，例如，使用者的郵箱在/var/spool/mail 中.
/var/tmp
比/tmp 允許的大或需要存在較長時間的臨時檔案. (雖然系統管理員可能不允許/var/tmp 有很舊的檔案.)
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