LSF常用命令

2021-09-02 06:08:28 字數 1911 閱讀 1547

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leon.sh

#!/usr/bin/csh

#bsub -o ./log.log -e ./err.err

#bsub -w 10

#bsub -n 1

#bsub -j xief

#bsub -m jasta

perl ./test.pl  

exit

提交作業 bsub < leon.sh

lsf 使用 bsub 命令來提交作業。 

bsub 命令常見用法如下: 

bsub –n z –q queuename –i inputfile –o outputfile command 

其中z代表了提交作業需要的cpu數,–q指定作業提交到的佇列,如果不採用–q選項,系統把作業提交到預設作業佇列。

inputfile 代表程式需要讀入的檔名(例如 namelist等),outputfile 代表乙個檔案,作業提交後標準輸出的資訊將會儲存到這個檔案中。command是使用者要執行的程式。 

(1)對於序列程式command可以直接使用使用者的程式名 

例如,對乙個序列作業mytest, 提交方式為: 

bsub –n 1 –q debug –o mytest.out ./mytest 

(2) 對於並行作業command為「mpirun.lsf 程式名」 

例如對於乙個72個小時內完成,使用16個cpu的並行作業mytest,提交方式為: 

bsub –n 16 –q normal –o mytest.out mpirun.lsf ./mytest 

例如對於乙個72小時內完成,使用64個cpu的並行作業mytest,提交方式為:

bsub –n 64 –q hpc_linux –o mytest.out mpirun.lsf ./mytest 

bsub 命令可以使用輸入指令碼提交具有相同引數的作業,格式為: 

該指令碼的引數與命令列 

「 bsub –n z –q queuename –o outputfile command」引數相同。 

提交時為 bsub < 指令碼名 

例如要提交乙個72小時內完成,需要16個cpu的並行作業mytest,可以編寫作業指令碼 bsub.scriptfile 

#bsub –n 16 

#bsub –q normal 

#bsub –o mytest.out 

mpirun.lsf ./mytest 

作業提交方法為:bsubbsub -is ./mytest 這種提交方法可以將mytest的標準輸出列印在螢幕

幾個常用的指令: 

1. bjobs 檢查提交作業狀態 

bjobs 

bjobs -w 

bjobs –r 顯示正在執行的作業 

bjobs –a 顯示正在執行的和最近完成的作業 

bjobs -p 顯示等待執行的作業和等待原因 

bjobs –s 顯示正在掛起的作業和掛起的原因 

bjobs -l 顯示該作業的所有資訊 

2. bhist 顯示最近完成作業或正在執行作業的歷史情況 

bhist

3. bkill 刪除不需要的作業 

bkill

bkill –r

4. bpeek 當作業正在執行時顯示它的標準輸出,監視作業執行 

bpeek

5. bqueues 顯示佇列資訊 

bqueues 

bqueues –l

6. bhosts 顯示各節點作業相關情況 

bhosts 

bhosts

7. lsload 顯示各節點負載資訊 

lsload 

lsload

8. lshosts處理各節點靜態資源資訊 

lshosts 

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