生物資訊python-從入門到精通？
python開發的方向太多了，有機器學習，資料探勘，網路開發，爬蟲等等。其實在生信領域，python還顯現不出絕對的優勢，生信的大部分軟體流程都是用shell或perl寫的，而且已經足夠好用了。我選python是因為我想順便學點資料探勘和機器學習的東西，而且python這些年越來越火，發展勢頭遠超其他指令碼語言，所以學它肯定是沒錯的。
一、入門標準
入門比較難定義，什麼程度才算入門呢？
掌握基本的語法，熟練使用python的內建型別、內建函式和資料結構。
了解一些基本的模組的使用，能夠實現一些簡單的需求。
後面有乙個例項，如果你能簡單的做完，那我敢肯定你已經入門了。
二、基本知識點
1.基本語法
縮排：python是通過**縮進來決定**層次邏輯的，一般約定使用4個空格
版本問題：主要包括2.x系列的和3.x系列的，兩者語法不同且不相容，有的模組只能在指定版本下安裝。建議使用3.x python，碰到特殊問題再去使用指定版本
檔案編碼宣告：python會去環境變數裡尋找python直譯器。如果**裡有中文，則要以utf-8編碼
#!/usr/bin/env python
#-- coding: utf-8 –-
變數定義：使用前要先定義
dir()：列出乙個資料型別或物件的所有方法，非常好用，同help()
檔案操作：f = open()，f.close()；with open() as f: ，os.path.exists()，os.path.isfile()，os.path.abspath()
目錄操作：os.mkdir()，os.rmdir()，os.listdir()，os.chdir()
開發環境選擇：
sublime text 對python支援挺好，輕量級生化**（推薦）
eclipse+pydev比較厚重，大型開發比較適合
vim/atom
pycharm
ipython
wingide
2.處理資料
2.1 基本資料型別：布林；整型；浮點型；字串
複製**
『capitalize』, 『casefold』, 『center』, 『count』, 『encode』, 『endswith』, 『expandtabs』, 『find』, 『format』, 『format_map』, 『index』, 『isalnum』, 『isalpha』, 『isdecimal』, 『isdigit』, 『isidentifier』, 『islower』, 『isnumeric』, 『isprintable』, 『isspace』, 『istitle』, 『isupper』, 『join』, 『ljust』, 『lower』, 『lstrip』, 『maketrans』, 『partition』, 『replace』, 『rfind』, 『rindex』, 『rjust』, 『rpartition』, 『rsplit』, 『rstrip』, 『split』, 『splitlines』, 『startswith』, 『strip』, 『swapcase』, 『title』, 『translate』, 『upper』, 『zfill』
複製**
2.2 基本資料結構：列表、元組、字典、集合。資料結構就是一種容器，用於在記憶體中存放我們的資料。
列表：任意元素組成的順序序列，以位置為索引。
『count』, 『index』
字典：鍵值對，沒有順序，鍵必須是常量。
『clear』, 『copy』, 『fromkeys』, 『get』, 『items』, 『keys』, 『pop』, 『popitem』, 『setdefault』, 『update』, 『values』
集合：沒有順序，元素之間沒有重複，相當於捨棄了值的字典。集合操作（&，|，-，^，<，<=，>，>=）
『add』, 『clear』, 『copy』, 『discard』, 『pop』, 『remove』, 『update』
『isdisjoint』,『issuperset』,『issubset』,『symmetric_difference』,『difference』,『union』, 『intersection』, 『symmetric_difference_update』,『intersection_update』,『difference_update』,
2.3 控制語句
條件：if…else…
迴圈：for，while，break，continue
2.4 模組使用
python有著非常友好的模組安裝方法，乙個pip install命令幾乎可以安裝絕大多數的模組。建議使用模組前多看相關api文件。
正規表示式 re
有序字典 collections.ordereddict()
呼叫系統命令 subprocess.call()
三、入門例項
題目：從大量fasta檔案中提取指定序列，並對提取到的序列做某些處理（如求反向互補序列）
描述：假設你有很多測序資料，分別儲存在不同資料夾的不同檔案裡，現在給你一些序列名，要求你從眾多資料中提取出特定的序列。
image
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思路：遍歷每乙個資料夾；遍歷每乙個檔案；讀取檔案，判斷序列，輸出序列（處理），關閉檔案；處理資料，新增乙個函式即可。
四、精通標準
當然這只是個噱頭，精通的道路是無止境的，下面只是羅列了一些常見的高階特性。
切片，推導式，生成器，異常處理
高階模組：threading(多執行緒)，ctypes(呼叫c程式優化效能)，logging(日誌)
專業模組：pysam - 處理基因組資料(fasta/fastq/bam/vcf)的python模組
biopython：python的計算分子生物學和生物資訊學工具包
編寫自己的package：解決某個特定需求，上傳到 pypi，然後你就成為大神了
程式設計規範：寫出規範化的** google python coding style
函式式程式設計：即使**量暴增也不會影響**的可讀性，除錯和debug也會變得非常簡單。
物件導向程式設計：最高端的程式設計方法，對函式進行分類和封裝，讓開發「更快更好更強…」
五、最後
python只是一門程式語言，一種實現工具，我們可以用很多種語言來替換它，我們之所以選擇python，是因為我們喜歡它給我們帶來的便捷。如果你想深入某個領域，其實真正重要的是技術背後的演算法。
六、推薦資源
python教程 - 廖雪峰的官方**
python初級教程：入門詳解
python 物件導向（初級篇）
python | codecademy
google python編碼風格
python正規表示式指南
《python學習手冊》
《python程式設計金典》
《bioinformatics programming using python》
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