如何安裝perl模組

由於生物資訊早期最多用的語言是perl，因此不可避免就要用別人的perl指令碼或者基於perl的專案來處理資料。

使用perl指令碼和使用其他程式語言的指令碼沒啥不同，畢竟你只要傳入引數，它就能給你結果。因此對於我們這些不用perl寫指令碼，只需要呼叫的人而言，唯一要學會的事情就是**如何安裝perl的模組」。

關於perl模組安裝，最古老的方法就是使用perl -mcpan -e shell或者是cpan（兩者等價），這也是我最先接觸的方法，這裡介紹如何使用local::lib和cpanm實現非root許可權安裝perl模組。

安裝任何軟體最怕遇到的問題就是許可權問題，因此我們需要先安裝local::lib，使得我們能夠將perl模組安裝到任何地方，簡單的說就是安裝到我們的家目錄下

wget tar xf local-lib-2.000024.tar.gz cd local-lib-2.000024 perl makefile.pl --bootstrap=~/opt

make test && make install

第二步：設定環境變數，使得perl在安裝模組的時候會優先使用我們指定的路徑

echo 'eval "$(perl -i$home/opt/lib/perl5 -mlocal::lib=$home/opt)"' >> ~/.bashrc

先用perl -i$home/opt/lib/perl5 -mlocal::lib=$home/opt表示執行前先新增$home/opt/lib/perl5到自己的搜尋路徑@inc中，然後傳入引數$home/opt執行模組local::lob，這個模組的執行結果會輸出如下內容

attempting to create directory /home6/wangjw/opt
path="/home/zgxu/opt/bin$}"; export path;
perl5lib="/home/zgxu/opt/lib/perl5$}"; export perl5lib;
perl_local_lib_root="/home/zgxu/opt$}"; export perl_local_lib_root;
perl_mb_opt="--install_base \"/home/zgxu/opt\""; export perl_mb_opt;
perl_mm_opt="install_base=/home/zgxu/opt"; export perl_mm_opt;

這些就作為eval的引數進行執行，也就是說你重啟終端後後，perl5libperl_local_lib_root,perl_mb_opt,perl_mm_opt這幾個變數就會重新設定，以此保證你後續安裝perl模組時，會優先安裝到自己的選擇的目錄

第三步：安裝cpam. 由於之前已經配置了local::lib，因此perl編譯的工具都會預設安裝到~/opt目錄下

perl makefile.pl

make test && make install

echo 'alias cpanm="cpanm --mirror  --mirror-only"' >>~/.bashrc

之後便可以使用cpanm module::name安裝任意的軟體了。

自己編譯perl的好處就在於之後的perl模組都會安裝到自己的perl目錄下，而不會對系統造成影響。

cd ~/src wget -4 tar xf perl-5.26.1.tar.gz cd perl-5.26.1 ./configure -des -dprefix=$home/opt/sysoft/perl-5.26.1 make test

make install

然後用perl -e ''會發現perl只會在自己的目錄~/opt/sysoft/perl-5.26.1下查詢模組。那麼使用cpanm module::name安裝的任何包都只會安裝到~/opt/sysoft/perl-5.26.1下，你也不需要安裝local::lib了

有一次我遇到這個問題

perl: symbol lookup error: /home/wangjw/perl5/lib/perl5/x86_64-linux-thread-multi/auto/cwd/cwd.so: undefined symbol

這個問題是因為用系統perl安裝的軟體被conda的perl優先查詢到導致，用perl -v和perl -e ''可以發現conda的perl查詢路徑低於我為系統perl安裝的路徑，解決方案如下

export perl5lib=""

如何安裝perl模組

windows裡如何安裝perl模組

如何從CPAN安裝Perl模組

perl安裝模組

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