RNACocktail安裝筆記

前段時間，估計2個月之前了吧，nature commnication 上發了一篇史上最強rna-seq資料分析測評文章，本來一直想介紹一下的，但是尷尬的是實驗室一直沒來rna-seq資料讓我分析，所以就一直沒寫文章提供的"rnacocktail"，現在終於能夠寫一下如何布置rnacocktail的工作環境了。

注意，rnacocktail是大雜燴的體系，下面不同步驟及其對應的主要軟體

並且，最後以上步驟最後都加入了all豪華**。

那麼問題來了，我目前不需要三代測序，也不需要做rna edit 和 fusion的分析，主要工作就是基因定量和差異表達分析，我不需要安裝所有的軟體。

我提供的requirement.txt檔案安裝的軟體是rnacocktail流程的中配版本，而且我以身試坑，能夠執行。大家可以根據需要，在此基礎上新增不同口味的軟體。

# 方法1，自定義環境名

conda env create -n rnacocktial(名字隨意) -f=requiremment.txt
# 方法2， 指定安裝路徑
crate env create -p $home/software/rnacocktail（路徑自選） -f=requiremment.txt

以身測坑

最後需要自己安裝作者放在github上最新版本的rnacocktial

source activate rnacocktail

pip install 

conda env remove -n rnacocktial

run_rnacocktail.py quantify 

--quantifier_idx salmon_fmd_idx  # 使用salmon index -t reference.fa -i salmon_index_basename --type fmd 構建
--1 seq_1.fq.gz --2 seq_2.fq.gz #雙端測序
--libtype iu  # 無鏈特異性，雙端
--salmon_k 19 # salmon教程75bp以上推薦31
--outdir out # 
--workdir work  
--salmon /path/to/salmon #salmon所在位置
--threads 10 #執行緒數
--sample a #表示樣本a
--unzip # 解壓

# downlaod data from ensemblgenomes

curl  -o athal.fa.gz
salmon index -t athal.fa.gz -i athaliana --type fmd

執行成功

一不小心被我刪了。。尷尬

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