兩者底層都採用的資料結構是b+樹，但是實現方式又略有不同。myisam的b+樹採用的是非聚集索引（輔助索引），innodb的b+樹採用的聚集索引。
對於 innodb 來說，表資料檔案本身就是按 b+tree 組織的乙個索引結構，這棵樹的葉節點 data 域儲存了完整的資料記錄。
由於 innodb 利用的資料庫主鍵作為索引 key，所以 innodb 資料表檔案本身就是主索引，且因為 innodb 資料檔案需要按照主鍵聚集，所以使用 innodb 作為資料引擎的表需要有個主鍵，如果沒有顯式指定的話 mysql 會嘗試自動選擇乙個可以唯一標識資料的列作為主鍵，如果無法找到，則會生成乙個隱含字段作為主鍵，這個字段長度為6個位元組，型別為長整形。
舉個例子：在乙個innodb表中，存在id主鍵1-1000個。 在計算機裡面儲存時會把1000個id進行劃分，比如第一層中將一部分id(記id_s1)儲存在第乙個結點當中，第二層中將另外一部分id（記id_s2）和上訴id_s1進行儲存，第三層中在把1000個id全部儲存，然後由聚集索引拿到對於id儲存的資料。
由於採用非聚集索引，索引檔案的資料域儲存指向資料檔案的指標。所以myisam表中有三個檔案：索引檔案、表結構檔案、資料檔案；innodb表中只有兩個檔案，表結構檔案，索引+資料結合檔案。
innodb檔案: .frm檔案和.ibd檔案，前者儲存表結構，後者儲存表的索引+資料
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