如何用binmapr進行遺傳定位

binmapr是我折騰的乙個r包，它能夠將ngs測序得到snp資料基於binmap進行糾錯，用於更好的遺傳定位。

在閱讀本文之前，請先花點時間看看bin, bin, bin！map, map, map now!, 我只是將裡面的步驟整理成r包方便呼叫而已。

首先你得安裝並載入r包。因為這個r包目前主要是方便自己使用，所以託管在github上，需要用devtools進行安裝

devtools::install_github("xuzhougeng/binmapr")

之後就可以和其他r包一樣正常使用

library(binmapr)

r包的使用非常簡單，就是呼叫batchcallgeno將原本的genotype矩陣按照15bp對snp進行糾正

geno 
outdir = ".",
pos.start = 7, fix.size = 10)

因此，你只要提供乙個符合要求的輸入即可。

以李廣偉師兄的資料為例，我已經將其整理成示例資料，因此可以可以通過下面兩行命令讀取

data(geno)
data(pheno)

這兩個都是資料框，其中geno存放的是基因型資料，而pheno存放的是表型資料

為了能夠讓batchcallgeno執行，我們需要將geno資料轉成乙個矩陣，其中行名是位置資訊，列名是樣本資訊

gt 
row.names(gt)

由於每個位點都在所有樣本中都不一定存在，因此可以考慮過濾一些缺失比較多的位點.

miss_ratio gt_flt

我這裡過濾掉缺失大於20%的位點，原本是打算用5%，未曾想到這個標準過濾下去，90%的資料都快沒了，嚇得我趕緊用summary(miss_ratio)看了一波分布，改了下標準。

有了合適的資料型別後，就可以呼叫batchcallgeno函式了。執行結束後，除了得到乙個列表外存放基因型外，還會在當前目錄下輸出csv和pdf檔案。其中csv是表型資料，而pdf則是糾錯前後的基因型分布。

chrom 
geno_out 
pos.start = 7, fix.size = 10)

介紹下幾個引數

# load phenotype anova_analysis geno_mt geno_mt_reorder 1, anova_analysis, phenotype = pheno$ph)

接著畫圖

pos 
plotqtl(pos = pos, 
pvalue = pvals, 
chr.name = "chr_01",
ymax = 11,
threshold = 3)

我們可以從中看到乙個非常顯著的峰，裡面的基因中就有乙個碰巧是水稻裡的綠色革命基因，sd1 loc_os01g66100 物理區間是 38382382-38385504，距qtl最顯著位置只有258kb的距離，對於乙個只有172個個體的f2群體而言，結果是不是已經很不錯了。