awk是生信人必須要掌握的命令列工具。為啥？因為它太強大了。我們舉乙個例子來說明。
假設我們有乙個1000萬行的檔案，大概長這樣：
怎麼求第四列的平均數呢？
python版本
我們可以用幾行python**解決，比如這樣：
r版本
用r來做計算也是很適合的，比如像這樣：
awk版本
awk用一行**就可以解決問題，像這樣（注意耗時）：
至此，我們可以看出，awk**簡單，但是效能卻不差！在同樣的機器上處理同樣的檔案，awk的執行時間是python的一半左右，是r的大概十分之一。可以說，awk已經非常快了！
c版本
都說c快，讓我們看看到底有多快。**如下：
可以看出，c的版本也僅比awk的稍快一點點。但是，c的**複雜多了！由此，我們可以粗略比較出awk是乙個非常完美的文字處理工具！
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處理陣列中的nan，用這一列的平均值去替換
在jupyter 裡面寫的 練習！處理陣列中的nan t np.arange 24 reshape 4 6 astype float print t 將陣列中的一部分替換成nant 1 3 np.nan print t 遍歷每一列，然後判斷每一列是否有nan for i in range t.sha...
awk命令獲取文字的某一行某一列
1 列印檔案的第一列 域 awk filename 2 列印檔案的前兩列 域 awk filename 3 列印完第一列，然後列印第二列 awk filename 4 列印文字檔案的總行數 awk end filename 5 列印文字第一行 awk nr 1 filename 6 列印文字第二行第...
使用awk命令獲取文字的某一行，某一列
1 列印檔案的第一列 域 awk filename 2 列印檔案的前兩列 域 awk filename 3 列印完第一列，然後列印第二列 awk filename 5 列印文字第一行 awk nr 1 filename 6 列印文字第二行第一列 sed n 2,1p filename awk pri...