從以下幾個方面：
1、儲存結構
每個myisam在磁碟上儲存成三個檔案。第乙個檔案的名字以表的名字開始，副檔名指出檔案型別。
.frm檔案儲存表定義。
資料檔案的擴充套件名為.myd (mydata)。
索引檔案的副檔名是.myi (myindex)。
2、儲存空間
myisam：可被壓縮，儲存空間較小。
innodb：需要更多的記憶體和儲存，它會在主記憶體中建立其專用的緩衝池用於高速緩衝資料和索引。
myisam的索引和資料是分開的，並且索引是有壓縮的，記憶體使用率就對應提高了不少。能載入更多索引，而innodb是索引和資料是緊密**的，沒有使用壓縮從而會造成innodb比myisam體積龐大不小
3、事務處理
myisam型別的表強調的是效能，其執行數度比innodb型別更快，但是不支援外來鍵、不提供事務支援。
innodb提供事務支援事務，外部鍵（foreign key）等高階資料庫功能。
select、update、insert、delete操作
如果執行大量的select，myisam是更好的選擇。
如果你的資料執行大量的insert或update，出於效能方面的考慮，應該使用innodb表。
delete from table時，innodb不會重新建立表，而是一行一行的刪除。而myisam則是重新建立表。在innodb上如果要清空儲存有大量資料的表，最好使用truncate table這個命令。
auto_increment
myisam：可以和其他字段一起建立聯合索引。引擎的自動增長列必須是索引，如果是組合索引，自動增長可以不是第一列，他可以根據前面幾列進行排序後遞增。
innodb：innodb中必須包含只有該字段的索引。引擎的自動增長列必須是索引，如果是組合索引也必須是組合索引的第一列。
4、表的具體行數
myisam：儲存有表的總行數，如果select count(*) from table;會直接取出該值。
innodb：沒有儲存表的總行數，如果使用select count(*) from table；就會遍歷整個表，消耗相當大，但是在加了where後，myisam和innodb處理的方式都一樣。
5、全文索引
myisam：支援 fulltext型別的全文索引。不支援中文。
innodb：不支援fulltext型別的全文索引，但是innodb可以使用sphinx外掛程式支援全文索引，並且效果更好。
6、表鎖差異
myisam：只支援表級鎖，只支援表級鎖，使用者在操作myisam表時，select，update，delete，insert語句都會給表自動加鎖。
innodb：支援事務和行級鎖，是innodb的最大特色。行鎖大幅度提高了多使用者併發操作的新能。但是innodb的行鎖也不是絕對的，如果在執行乙個sql語句時mysql不能確定要掃瞄的範圍，innodb表同樣會鎖全表， 例如update table set num=1 where name like 「%aaa%」
一般來說：
myisam適合：
(1)做很多count 的計算；
(2)插入不頻繁，查詢非常頻繁；
(3)沒有事務。
innodb適合：
(1)可靠性要求比較高，或者要求事務；
(2)表更新和查詢都相當的頻繁，並且表鎖定的機會比較大的情況。
兩種型別最主要的差別就是innodb 支援事務處理與外來鍵和行級鎖。而myisam不支援.所以myisam往往就容易被人認為只適合在小專案中使用。
作為使用mysql的使用者角度出發，innodb和myisam都是比較喜歡的，如果資料庫平台要達到需求：99.9%的穩定性，方便的擴充套件性和高可用性來說的話，myisam絕對是首選。
原因如下：
1、平台上承載的大部分專案是讀多寫少的專案，而myisam的讀效能是比innodb強不少的。
2、myisam的索引和資料是分開的，並且索引是有壓縮的，記憶體使用率就對應提高了不少。能載入更多索引，而innodb是索引和資料是緊密**的，沒有使用壓縮從而會造成innodb比myisam體積龐大不小。
3、經常隔1，2個月就會發生應用開發人員不小心update乙個表where寫的範圍不對，導致這個表沒法正常用了，這個時候myisam的優越性就體現出來了，隨便從當天拷貝的壓縮包取出對應表的檔案，隨便放到乙個資料庫目錄下，然後dump成sql再導回到主庫，並把對應的binlog補上。如果是innodb，恐怕不可能有這麼快速度，別和我說讓innodb定期用匯出***.sql機制備份，因為最小的乙個資料庫例項的資料量基本都是幾十g大小。
4、從接觸的應用邏輯來說，select count(*) 和order by 是最頻繁的，大概能佔了整個sql總語句的60%以上的操作，而這種操作innodb其實也是會鎖表的，很多人以為innodb是行級鎖，那個只是where對它主鍵是有效，非主鍵的都會鎖全表的。
5、還有就是經常有很多應用部門需要我給他們定期某些表的資料，myisam的話很方便，只要發給他們對應那錶的frm.myd,myi的檔案，讓他們自己在對應版本的資料庫啟動就行，而innodb就需要匯出***.sql了，因為光給別人檔案，受字典資料檔案的影響，對方是無法使用的。
6、如果和myisam比insert寫操作的話，innodb還達不到myisam的寫效能，如果是針對基於索引的update操作，雖然myisam可能會遜色innodb,但是那麼高併發的寫，從庫能否追的上也是乙個問題，還不如通過多例項分庫分表架構來解決。
7、如果是用myisam的話，merge引擎可以大大加快應用部門的開發速度，他們只要對這個merge表做一些select count(*)操作，非常適合大專案總量約幾億的rows某一型別(如日誌，調查統計)的業務表。
當然innodb也不是絕對不用，用事務的專案就用innodb的。另外，可能有人會說你myisam無法抗太多寫操作，但是可以通過架構來彌補。
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1 myisam是非事務安全型的，而innodb是事務安全型 2 myisam是鎖支援到表級，而innodb支援行級。3 myisam支援全文檢索，而innodb不支援全文檢索 4 myisam表儲存為檔案形式的，有利於跨平台時進行資料轉移，而innodb比myisam更安全，可以保證表中資料不丟失...