微生物生態排序分析 CCA分析

2021-08-22 11:59:35 字數 1939 閱讀 2119

微生物生態排序分析——cca分析

library(vegan)

library(ggplot2)

library(permute)

library(lattice)

sa4=read.table("spes.csv",header=t,row.names=1,sep=",")

s8.p=read.table("s8.p.csv",header=t,sep=",",row.names=1)#選擇有顯著性相關關係理化因子

group <- read.table("name.csv", header=f,sep=",",colclasses=c("character","character"))#用作產生圖例,對樣本進行分類

cca<-cca(sa4,s8.p, scale=t)

sam <- data.frame(cca$cca$u[,c(1,2)], group$v2) #提取樣本得分

colnames(sam) <- c("cca1","cca2","group")

spec <- cca$cca$v[,c(1,2)] #物種得分

spec <- as.data.frame(spec)

#可用於圖中顯示物種資料

#spec<-data.frame(spece=row.names(cca$cca$v),rda1=cca$cca$v[,1],rda2=cca$cca$v[,2])

env <- cca$cca$biplot[,c(1,2)] #環境因子得分

env <- as.data.frame(env)

cca1 =round(cca$cca$eig[1]/sum(cca$cca$eig)*100,2) #第一軸標籤

cca2 =round(cca$cca$eig[2]/sum(cca$cca$eig)*100,2) #第二軸標籤

#繪圖物件的建立

p <- ggplot(data=sam,aes(cca1,cca2))

#幾何物件

p <- p + geom_point(aes(colour=group,shape=group),size=5) +

#在圖中顯示物種

#geom_point(data=spec,aes(shape=spece),size=2) + scale_shape_manual(values=seq(0,20))+

#新增樣本標籤

#geom_text(aes(label=rownames(sam)),

# size=4,hjust=0.5,vjust=-0.7,position = "jitter") +

scale_shape_manual(values=c(19,19,19,19,19)) +

labs(title="cca plot",x=paste("cca1 ",cca1," %"),y=paste("cca2 ",cca2," %")) +

theme(text=element_text(family="serif"))

#去除背景以及網格線

p=p+theme_bw() + theme(panel.grid=element_blank())

p=p + geom_segment(data = env,aes(x=0,y=0,xend = env[,1], yend = env[,2]), colour="purple", size=1.5, arrow=arrow(angle=35, length=unit(0.3, "cm"))) +

geom_text(data=env, aes(x=env[,1], y=env[,2], label=rownames(env)),

size=5, colour="purple",hjust = (1 - 2 * sign(env[ ,1])) / 3,

angle = (180/pi) * atan(env[ ,2]/env[ ,1]))

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