這次介紹的是如何查詢某個轉錄因子在某個細胞系中調控哪些基因。
轉錄因子對基因的調控最直接的方式就是從轉錄因子是否在對應基因啟動子區或鄰近有結合，這是tf chip-seq所要解決的問題 (當然atac-seq配合motif分析也可以)。
哈佛大學劉小樂教授課題組收集並重頭分析了38,667個tf、histone、chromatin accessibility資料並把每個樣品的質量評估、比對結果、峰圖資料、結合peak和靶基因等資料共享在cistrome平台供我們使用。
自己處理peak檔案，不要忘了可以使用bedtools (簡單好上手)。
如果關注不同分化水平或不同組織之間轉錄一直結合、組蛋白修飾水平的差別和靶基因的差別，可同時選中目標樣品，一鍵匯入ucsc基因組瀏覽器或washu browser基因組瀏覽器檢視, 生成chip類文章不可缺少的reads分布峰圖。
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chip-seq基本分析流程見流程。課程將在這個基礎上，提供更深入地分析指導。
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