python練習題4 將mRNA翻譯成蛋白質

首先，需要先識別mrna中的翻譯起始位點，即aug,然後從該位置，根據標準遺傳密碼表，將整個mrna序列翻譯成蛋白質，如果中途遇到終止密碼子，則顯示stop.

當然，biopython也提供了翻譯蛋白質的模組，可以很方便的將mrna或者dna翻譯成蛋白質。

這是不用biopython的**：

#*_coding: utf-8_*

import re
def mrna_protein(rna_string):
'''將mrna翻譯成蛋白質'''
start_code = 'aug'
end_code = ['uaa', 'uag', 'uga']
protein_table = 
#找到起始密碼子的位置
start_sit = re.search(start_code, rna_string)
protein = ''
#按閱讀框匹配蛋白質
for sit in range(start_sit.end(), len(rna_string), 3):
protein = protein + protein_table[rna_string[sit:sit+3]]
print protein
if __name__ == '__main__':
rna_string = open('e:\\bioinfo\data\\rosalind_prot\\rosalind_prot.txt', 'r').read().strip()
mrna_protein(rna_string)

#_*_ coding: utf-8 _*

from bio import seq
from bio.alphabet import generic_dna, generic_rna
from bio import seqio
from bio.data import codontable
#載入mrna序列
rna_string = open('e:\\bioinfo\data\\rosalind_prot\\rosalind_prot.txt', 'r').read().strip()
my_seq = seq.seq(rna_string, generic_rna)
#載入標準遺傳密碼表
standard_table = codontable.unambiguous_rna_by_name['standard']
#將mrna翻譯成蛋白質
protein = my_seq.translate(table='standard')
print protein

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