IGV BWA Samtool的視覺化分析過程。

2021-08-09 15:20:10 字數 548 閱讀 3664

1.首先使用bwa進行reads比對,結果會產生sam檔案。

2.對結果檔案進行視覺化的時候必須要注意,igv並不是支援所有的檔案格式,所以要通過samtool進行格式轉換。

3.所以比對後的sam檔案不能夠進行直接視覺化,首先通過samtool軟體進行格式轉化為bam檔案,

samtools view -h file.bam > file.sam

samtools view -b -s file.sam > file.bam

4.然後進一步對bam檔案進行排序,
samtools sort file.bam file.sorted

5.下一步對排序好的檔案建立索引;
samtools index 

file.sorted.ba

m

6.將bam檔案轉換成tdf檔案

使用igvtools將檔案轉換成*.tdf

7將tdf檔案匯入igv進行視覺化

建立可維護 可擴充套件的 XML 格式

xml 是一種交換結構化文件和資料的通訊格式。人們經常隨意地在開發過程中臨時決定選擇 xml 格式,而沒有提前計畫或設計。只有提前設計好正確的 xml 格式,才能滿足通訊各方的要求。否則就不得不反覆地修改。了解如何設計一種不經常進行修改的格式,足夠敏捷,不需要徹底修改而僅需填加少許擴充套件就能適應新...

可移動構造 可複製構造 可移動賦值 可複製賦值

記錄一下這幾個容易混淆的概念。可移動構造 moveconstructible 指定該型別的例項可以從乙個右值實參構造 定義 給定 下列表示式必須合法且擁有指定的效果 t u rv u 的值等於 rv 在初始化前的值。rv 的新值未指明。t rv t rv 的值等於 rv 在初始化前的值。rv 的新值...

什麼是可靠 可擴充套件 可維護的系統?

一,可靠性的挑戰 1,人為故障是線上系統故障的首要原因,應該怎麼避免 1.1簡化設計,易於測試 1.2充分測試,覆蓋場景 1.3快速回滾,降低損失 1.4完善監控 1.5規範流程,這點最重要 2,軟體故障 2.1簡單架構,降低複雜度帶來的不可控 2.2選擇穩定的軟體,包括開源 2.3要有自動恢復機制...