RepeatMasker安裝與使用（二）

repeatmasker是一款專門用於基因組重複序列識別注釋，並分類統計的軟體，幾乎用於所有物種。是研究基因組、非編碼rna、轉座子和著絲粒領等相關領域的必備軟體。很多small rna, lncrna與repeat區有密切關係。

2.6.0 ver 2 2017-3-29

cd ~/bin/

wget

.nlm

.nih

.gov/blast/executables/blast+/2.6

.0/ncbi-blast-2.6

.0+-src.tar

.gzwget

.org/isb-2.6

.0+-changes-vers2.patch

.gztar zxvf ncbi-blast-2.6

.0+-src.tar

.gzgunzip isb-2.6

.0+-changes-vers2.patch

.gzcd ncbi-blast-2.6

.0+-src

patch -p1 < ../isb-2.6

.0+-changes-vers2.patch

cd c++

./configure --with-mt --prefix=/usr/local/rmblast --without-debug

make

# 安裝程式及庫至系統目錄，有報誤，但我們需要的rmblastn已經可以正常使用了

sudo make install # makefile:40: recipe for target 'install-toolkit' failed

# 測試程式是否安裝成功

/usr/local/rmblast/bin/rmblastn -h

4.09 2016-2-22

最新版4.09，本作業系統需要安裝其中的legacy的64位版才能執行

cd ~/bin/ wget .edu/trf/downloads/trf409.legacylinux64 chmod +x trf409.legacylinux64 sudo cp trf409.legacylinux64 /usr/local/bin/trf # 測試有幫助資訊即可用

trf

.org/rmdownload.html

4.0.7 2017-2-1

nohup wget -c

.org/repeatmasker-open-4-0-7.tar.gz &bg

tar xvzf repeatmasker-open-4-0-7.tar.gz

mv repbaserepeatmaskeredition-20170127.tar.gz repeatmasker/ cd repeatmasker/

tar xvzf repbaserepeatmaskeredition-20170127.tar.gz

./configure

#新增至全域性環境變數

sudo ln -s `pwd`/repeatmasker /usr/local/bin/repeatmasker

repeatmasker

# 顯示程式詳細幫助手冊

repeatmasker -help

# 擬南芥分析例項

# 進入我存放擬南芥基因組的目錄

cd ~/ref/phytozome/athaliana/tair10/assembly

# 建立結果輸出目錄

mkdir repeat

# 執行程式：parallel是選擇執行緒數; species是物種名，常見物種看幫助，沒有的寫小寫拉丁屬名或引號全名; html和gff是輸出html和gff格式結果，方便檢視和下游分析; dir輸出結果目錄；基因組fa檔案必須放在所有引數最後；用時8min

time repeatmasker -parallel 30 -species arabidopsis -html -gff -dir repeat athaliana_167_tair9.fa

# 短柄草分析例項, 274mb基因組30執行緒用時13min

cd ~/ref/phytozome/bdistachyon/v3.1/assembly

mkdir repeat

time repeatmasker -parallel 30 -species brachypodium -html -gff -dir repeat bdistachyon_314_v3.0.fa

執行開始會顯示資料庫的發布時間版本和物種特異資料資訊，需注釋核對

( complete database: dc20170127-rb20170127 )

building species libraries in: /mnt/bai/public/bin/repeatmasker/libraries/dc20170127-rb20170127/brachypodium

- 201 ancestral and ubiquitous sequence(s) for brachypodium

- 282 lineage specific sequence(s) for brachypodium

*代表你基因組的名字

1. *.out.gff：重複序列基因組注釋檔案，與基因注釋類似，最重要結果

# 結果預覽 chr1 repeatmasker similarity 1 10713.2 - . target "motif:atrep18" 561649 chr1 repeatmasker similarity 1066 1097 10.0 + . target "motif:(c)n" 132 chr1 repeatmasker similarity 1155 1187 17.1 + . target "motif:(tttctt)n"

133

*.tbl：重複序列注釋結果報告資訊彙總** overview

*.masked: 將注釋為重複序列區的大項替換為n的基因組

*.cat.gz: 序列與重複序列比對的檔案

cd /usr/local wget .nlm .nih .gov/blast/executables/blast+/2.2 .28/ncbi-blast-2.2 .28+-x64-linux.tar .gzwget .nlm .nih .gov/blast/executables/rmblast/2.2 .28/ncbi-rmblastn-2.2 .28-x64-linux.tar .gztar zxvf ncbi-blast-2.2 .28+-x64-linux.tar .gztar zxvf ncbi-rmblastn-2.2 .28-x64-linux.tar .gzcp -r ncbi-rmblastn-2.2 .28/* ncbi-blast-2.2.28+/ rm -rf ncbi-rmblastn-2.2.28 mv ncbi-blast-2.2.28+ rmblast-2.2.28

/usr/local/rmblast-2.2.28/bin/rmblastn -h

如果安裝成功了2.2.28，則配置repeatmasker中rmblast位置則改為/usr/local/rmblast-2.2.28/bin/rmblastn

是由於linux legacy glibc的版本相容性問題，故作者提供了兩個版本，原文中的如果不可用，試試下面另乙個版本

wget .edu/trf/downloads/trf409.linux64 chmod +x trf409.linux64

./trf409.linux64

是repeatmasker檔案中./configure步驟設定錯了，再新再一次，仔細核對每個依賴程式的位置，即可正常執行。

前提是你先執行下相關依賴的程式是否可以執行！

新增了-dir 指定輸出目錄，但沒有結果

time repeatmasker -parallel 30-species arabidopsis -html -gff -dir repeat bdistachyon_314_v3.0

.fa

你一定是忘記建立結果資料夾了，程式不會自己建目錄，mkdir repeat是必須的。你有兩個選擇，要麼提前建資料夾，要麼直接不用-dir result引數，把結果全都輸出至當前目錄。

RepeatMasker安裝與使用（二）

pythonpip安裝與使用 pip安裝與使用

Python Pyinstaller安裝與使用

概念與安裝

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