python 處理xml檔案

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最近基因注釋需要查閱文獻是否報道過。由於基因很多，想了乙個辦法。

ncbi上每個蛋白有關的登入號下會有文獻的題目。根據序列比對結果，然後調取對應的文獻。

首先獲取小麥族（147389）所有的199754條蛋白序列，截止日期是17-5-22.

<?xml version="1.0"?>

# 末尾

try:

import xml.etree.celementtree as et
except importerror:
import xml.etree.elementtree as et
tree = et.elementtree(file='147389_protein.xml')
for elem in tree.iter():
if elem.tag == 'gbseq_locus':
print elem.text + '\t',
if elem.tag == 'gbseq_length':
print elem.text + '\t',
if elem.tag == 'gbseq_definition':
print elem.text + '\t',
if elem.tag == 'gbreference_title':
print elem.text + '\t',
if elem.tag == 'gbreference_journal':
print elem.text + '\t',
if elem.tag == 'gbseq_sequence':
print elem.text.upper()

Python處理xml檔案

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