R語言連線SQL資料庫的兩種方式配置過程記錄

不是一切大樹，都被暴風折斷；不是一切種子,都找不到生根的土壤；不是一切真情，都流失在人心的沙漠裡；不是一切夢想，都甘願被折掉翅膀。

不是一切火焰，都只燃燒自己，而不把別人照亮；不是一切星星，都僅指示黑夜，而不報告曙光；不是一切歌聲，都掠過耳旁，而不留在心上。

——舒婷《這也是一切》

r連線sql資料庫的方法有許多種（基於不同的packages），例如rmysql, rsqlite等是基於dbi方式連線資料庫，也可以用rodbc方式來連線。

首先我為了測試是否能連線成功，我需要建乙個資料庫，本文centos 6.7環境，採用sqlite，首先在/home/emptyset/sqlite目錄下建立乙個新資料庫test.db

$ sqlite3 /home/emptyset/sqlite/test.db

於是進入了sqlite3命令列，接下去建立一張測試表，插入一行資料

sqlite> create
table dt_user (
...> id integer
primary
key autoincrement not
null,
...> account char(20) not
null,
...> name char(10) not
null
...> );
sqlite> .tables
dt_user
sqlite> insert
into dt_user (account,name) values ('[email protected]','wen gu');
sqlite> select * from dt_user;
1|[email protected]|wen gu

嗯，現在資料已經插入成功了。

接下去我們直接開啟r語言命令列，在命令列下，我們需要安裝rsqlite包——

install.packages('rsqlite')

> library(rsqlite)
loading required package: dbi
> conn <- dbconnect(dbdriver("sqlite"), dbname="/home/emptyset/sqlite/test.db");
> dblisttables(conn)    #檢視tables
[1] "dt_user"
"sqlite_sequence"
"sqlite_stat1"
> dblistfields(conn, 'dt_user')    #檢視dt_user表的欄位名
[1] "id"
"account"
"name"
> user <- dbgetquery(conn, "select * from dt_user where id>0")
> user
id         account   name11
21324784
@qq.com wen gu

dbi方式連線成功啦~同理可以用rmysql等等其他包來連線相應資料庫

> install.packages('rodbc')    #安裝rodbc包

結果出錯了！提示

in install.packages("rodbc") :
installation of
package 『rodbc』 had non-zero exit status

原因是沒有安裝unixodbc，在centos下可以通過yum安裝

yum install unixodbc unixodbc-devel libtool-ltdl libtool-ltdl

-devel

wget .tar .gztar xvfz sqliteodbc-0.9992 .tar .gz#解壓 cd sqliteodbc-0.9992 .tar .gz#進入目錄

./configure

結果……出錯了，提示no usable sqlite header/library on this system，一番google後知道原來是沒有裝sqlite-devel，不難解決，可以用yum安裝

yum install sqlite-devel

隨後繼續剛才的編譯工作——

./configure make

sudo make install

好了，至此軟體已經裝完了。接下去要對odbc進行一下配置，對於sqliteodbc的配置說明，我們可以在這裡找到

第一步：將驅動新增到配置檔案

odbc的配置檔案在/etc/odbcinst.ini，vim開啟它

vim /etc/odbcinst.ini

在檔案尾部加上

[sqlite]
description=sqlite odbc driver
driver=/usr/local/lib/libsqlite3odbc.so
setup=/usr/local/lib/libsqlite3odbc.so
threading=2

第二步：配置dsn資料來源

vim ~/.odbc
.ini

注意，方括號裡的mysqlitedb就是資料來源的名字，待會兒用它就可以連線到下面對應的/home/emptyset/sqlite/test.db

[mysqlitedb]
description=my sqlite test database
driver=sqlite
database=/home/emptyset/sqlite/test.db
# optional lock timeout in milliseconds
timeout=2000

——至此sqlite的odbc已經配置完了，測試一下：

isql mysqlitedb
+---------------------------------------+
| connected!                            |
|                                       |
| sql-statement                         |
| help [tablename]                      |
| quit                                  |
|                                       |
+---------------------------------------+

連線成功。讓我們進入r試一下吧

> conn <- odbcconnect("mysqlitedb")

> result

<- sqlquery(conn, "select * from dt_user")

> result

id account name11

[email protected] wen gu

搞定。

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