配置apache執行cgi程式可分為兩種情況，一是scriptalias目錄的cgi，二是scriptalias以外目錄的cgi。
scriptalias指令使apache允許執行乙個特定目錄中的cgi程式。當客戶端請求此特定目錄中的資源時，apache假定其中檔案都是cgi程式並試圖執行。
scriptalias指令形如：
scriptalias /cgi-bin/ /usr/local/apache/cgi-bin/
由於安全原因，cgi程式通常被限制在scriptalias指定的目錄中，如此，管理員就可以嚴格地控制誰可以使用cgi程式。但是，如果採取了恰當的安全方法措施，則沒有理由不允許其他目錄中的cgi程式執行。比如，你可能希望使用者在userdir指定的宿主目錄中存放頁面，而他們有自己的cgi程式，但無權訪問cgi-bin目錄，這樣，就產生了執行其他目錄中cgi程式的需求。
1、用options顯式地允許cgi的執行
可以在主伺服器配置檔案中，使用options指令顯式地允許特定目錄中cgi的執行：
options +execcgi
上述指令使apache允許cgi檔案的執行。另外，還必須告訴伺服器哪些檔案是cgi檔案。下面的addhandler指令告訴伺服器所有帶有cgi或pl字尾的檔案是cgi程式：
addhandler cgi-script cgi pl
2、.htaccess檔案
.htaccess檔案是針對目錄進行配置的一種方法。apache在提供乙個資源時，會在此資源所在目錄中尋找.htaccess檔案，如果有，則使其中的指令生效。allowoverride 指令決定了.htaccess檔案是否有效，它指定了哪些指令可以出現在其中，或者根本不允許使用。為此，需要在主伺服器配置中如此配置：
allowoverride options
在.htaccess檔案中，需要如此配置：
options +execcgi
以使apache允許此目錄中cgi程式的執行。
最後可以編寫乙個cgi程式測試，如：
#!/usr/bin/perl
print "content-type: text/html\n\n";
print "hello, world.";
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