鑑於做《分布並行計算機技術》的作業,對著其他網上教程作了半天,發現不少錯誤。於是自己總結一下
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ubuntu 192.168.19.123(控制節點)
blade01 192.168.19.11
lab 192.168.19.12
node1 192.168.19.13
whu-control 192.168.19.14
mpich2-1.0.tar.gz
blas.tgz
cblas.tgz
hpl-2.1.tar.gz
並行環境mpi的建立,建立ssh信任連線(root使用者)
ubuntu(控制節點)下:
#vim /etc/hosts
127.0.0.1 localhost
192.168.19.123 ubuntu.ubuntu ubuntu
192.168.19.123 scc-m
192.168.19.11 blade01
192.168.19.12 lab
192.168.19.13 node1
192.168.19.14 whu-control
#ssh-keygen -t rsa
#cd /root/.ssh
#cp id_rsa.pub authorized_keys
控制節點完成
所有計算節點下:
#ssh-keygen -t rsa
#scp ubuntu:/root/.ssh/* /root/.ssh/
#scp ubuntu:/etc/hosts /etc/hosts
計算節點完成
準備工作差最後一步:確認全部節點(包括控制節點和計算節點)之間的信任連線
只需要對每個節點執行:
#ssh ubuntu
#ssh blade01
#ssh lab
#ssh node1
#ssh whu-control
在提示處輸入yes回車,最後確定無需輸入密碼並且沒有任何提示資訊即可登陸
準備工作完畢
開始原始碼安裝mpich2(所有節點)
#tar -zxvf mpich2-1.0.tar.gz
#cd mpich2-1.0
#mkdir /usr/mpich-install
#./configure --prefix=/usr/mpich-install
#make && make install
#vim /root/,bashrc (最後一行新增path="$path:/usr/mpich-install/bin")
#source /root/.bashrc
#vim /root/mpd.hosts
ubuntu
blade01
labnode1
whu-control
安裝完畢
測試:#which mpd
#which mpicc
#which mpiexec
#which mpirun
若都輸出/usr/mpich-install/bin/***x 則安裝成功
所有節點上都安裝完成之後
在控制節點上
#mpdboot -n 5 -f mpd.hosts
#mpdtrace
順利的話可以看到全部5個節點
#mkdir /root/linpack
#cd /root/linpack
#tar zvxf blas.tgz
#cd blas
#make
#cd ..
#tar zvxf cblas.tgz
#cd cblas
#cp makefile.linux makefile.in
#vim makefile.in
修改以下三項
bllib = /root/linpack/blas/blas_linux.a
cbdir = /root/linpack/cblas
fc = mpif77
#make all
安裝完成
順利的話生成blas_linux.a cblas_linux.a這兩個庫檔案
cd /root/linpack
tar zvxf hpl-2.1.tar.gz
mv hpl-2.1 hpl
cd hpl/setup
cp make.linux_pii_cblas ../
cd ..
vim make.linux_pii_cblas
topdir = /root/linpack/hpl
mpdir = /usr/mpich-install
ladir = /root/linpack/blas
lainc =
lalib = /root/linpack/cblas/lib/linux/cblas_linux.a /root/linpack/blas/blas_linux.a
cc = mpicc
ccflags = $(hpl_defs) -fomit-frame-pointer -o3 -funroll-loops -lpthread
linker = gfortran
make arch=linux_pii_cblas
如果編譯正常,在hpl/bin/linux_pii_cblas目錄下就會生成兩個檔案hpl.dat和xhpl。 hpl.dat檔案是linpack測試的優化配置檔案,這個對測試的結果十分重要,xhpl為可執行程式。
如果是集群測試,就將linpack目錄複製到機群中其餘節點相同的目錄下。
至此,安裝就算完成了。現在可以進行簡單的測試.
配置hpl.dat
#cd /root//linpack/hpl/bin/linux_pii_cblas
#vim hpl.dat
hplinpack benchmark input file
innovative computing laboratory, university of tennessee
hpl.out output file name (if any)
8 device out (6=stdout,7=stderr,file)
1 # of problems sizes (n)
20000 ns
1 # of nbs
192 nbs
1 # of process grids (p x q)
4 ps
8 qs
16.0 threshold
1 # of panel fact
1 pfacts (0=left, 1=crout, 2=right)
2 # of recursive stopping criterium
4 8 nbmins (>= 1)
1 # of panels in recursion
2 ndivs
1 # of recursive panel fact.
2 ***cts (0=left, 1=crout, 2=right)
2 # of broadcast
1 3 bcasts (0=1rg,1=1rm,2=2rg,3=2rm,4=lng,5=lnm)
2 # of lookahead depth
0 1 depths (>=0)
2 swap (0=bin-exch,1=long,2=mix)
0 l1 in (0=transposed,1=no-transposed) form
0 u in (0=transposed,1=no-transposed) form
1 equilibration (0=no,1=yes)
8 memory alignment in double (> 0)
#mpirun -np 32 ./xhpl
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