雖然木馬和病毒的危害性難分伯仲，甚至現在已經把木馬作為病毒的一種進行歸類，但實際上在網際網路普及之前，木馬和病毒是並駕齊驅的。
早期的木馬和病毒的主要區別，就是病毒具有自傳播性，即能夠自我複製，而木馬則不具備這一點。
這主要是因為，病毒的創造者當時主要是為了炫耀自己天才的創意，而可以自我複製傳播並做出不可思議的效果（花屏、宕機、甚至僅僅是一些有趣的畫面），彷彿具有生命的電腦病毒，極大地滿足了他們的成就感。與此相反，木馬的創造者雖然也有惡搞的成分，但是有目的性的破壞與損害特定軟體的名譽，這種成分更多一些，其中安插系統後門和盜取使用者資料是典型的木馬使用方式。
3.在網際網路高度發達的今天，木馬和病毒的區別正在逐漸變淡消失。
木馬為了進入進入並控制更多的電腦，糅合了病毒的編寫方式，不僅能夠自我複製，而且還能夠通過病毒的手段防止專門軟體的查殺。
而病毒為了獲取更多的資訊（在這個資訊時代，資訊就是金錢），會定期發作，有意破壞電腦系統的變種也越來越少，基本都是後台隱蔽，長期埋伏，以木馬的方式獲取使用者資訊。
所以，現在常有「木馬」已經被稱呼成了「木馬病毒」。如果你想詳細分辨它們的危害那個更大，恐怕是不太可能了，它們正在走向融合。
個人理解...木馬主要是盜取使用者帳號密碼的，病毒是破壞使用者系統的。
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