如果系統啟動時自動載入的程式過多，會造成啟動速度緩慢，而很多病毒或者木馬也是在系統啟動時自動載入的。所以了解怎樣在windows中查詢自啟動程式是非常重要的。
一、在「啟動」資料夾中尋找
「啟動」資料夾一般位於「系統碟符/documents and settings/使用者名稱/開始選單/程式/啟動/」目錄(win 2000/xp)或「系統碟符/windows/start menu/programs/啟動/」目錄。通過快捷方式的屬性可以查出程式所在的位置。
二、從自動批處理檔案中尋找
在win 98中，autoexec.bat和winstart.bat檔案中的程式在開機時自動執行；而在win me/2000/xp/2003中，這兩個批處理檔案預設不被執行。
三、從系統配置檔案中尋找
在有些系統配置檔案中也可以找到自啟動程式的蹤跡，如config.sys、win.ini、system.ini、wininit.ini和msdos.sys等。
1.win.ini啟動：
啟動位置（file.exe為要啟動的檔名稱）：
[windows]
load=file.exe
run=file.exe
注意：load=與run=的區別在於：通過load=執行檔案，檔案會在後台執行（最小化）；而通過run=來執行，則檔案是在預設狀態下被執行的。
2.system.ini啟動：
啟動位置（file.exe為要啟動的檔名稱）：
預設為：
[boot]
shell=explorer.exe
可啟動檔案後為：
[boot]
shell=explorer.exe file.exe
winstart.bat啟動：
這是乙個系統自啟動的批處理檔案，主要作用是處理一些需要複製、刪除的任務。譬如有些軟體會在安裝或解除安裝完之後要求重新啟動，就可以利用這個複製和刪除一些檔案來達到完成任務的目的。如：
「@if exist c:windowstempproc.bat call c:windowstempproc.bat」
這裡是執行proc.bat檔案的命令；
「call filename.exe > nul」
這裡是去除任何在螢幕上的輸出。
值得注意的是winstart.bat檔案在某種意義上有和autoexec.bat一樣的作用。如果巧妙安排完全可以達到修改系統的目的！
四、通過「系統配置實用程式」尋找
在「開始→執行」中鍵入「msconfig.exe」啟動「系統配置實用程式」，進入「啟動」選項卡，即可檢視隨系統啟動的程式名稱和位置。
注意：win 2000本身沒有msconfig程式，可以從win xp/2003中提取。
五、從計畫任務中尋找
在「控制面板」中雙擊「任務計畫」就可以檢視是否有計畫任務隨系統一起啟動。
六、使用「系統資訊」尋找
進入「系統資訊」主介面，依次展開分支「軟體環境→啟動程式」，就可以在右窗格中檢視自啟動程式名稱和位置。
七、使用「組策略」尋找
在win 2000/xp/2003中，在「開始→執行」中鍵入「gpedit.msc」，開啟「組策略」，依次展開「使用者配置→管理模板→系統→登入/登出」，雙擊「在使用者登入時執行這些程式」，單擊「顯示」按鈕，即可檢視自啟動程式。
八、通過登錄檔尋找
在登錄檔中，可以從下列鍵值中查詢自啟動程式的名稱和位置。
1.userinit鍵
位於「hkey_local_machine/software/microsoft/windowsnt/currentversion/winlogon/userinit」。這個鍵允許指定用逗號分隔的多個程式。例如「userinit.exe,osa.exe」(不含引號)。
2.explorer/run鍵
位於「hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/policies/explorer/run」
和「hkey_local_machine/software/microsoft/windows/currentversion/policies/explorer/run」。
3.runservicesonce鍵
runservicesonce鍵用來啟動服務程式，在使用者登入之前啟動，具體位置是:「hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/runservicesonce」
和「hkey_local_machine/software/microsoft/windows/currentversion/runservicesonce」。
4.runservices鍵
runservices鍵指定的程式在runservicesonce指定的程式之後執行，不過仍在使用者登入之前。具體位置是：「hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/runservices」
和「hkey_local_machine/software/microsoft/windows/ currentversion/runservices」。
5.run鍵
run是自動執行程式最常用的鍵，位置在「hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/run」和
「hkey_local_machine/software/microsoft/windows/currentversion/run」。
6.load鍵
位於「hkey_current_user/software/microsoft/windowsnt/currentversion/windows/load」。
另外還有runonce、runonce/setup等鍵。
hkey_current_user/software/microsoft/windowsnt/currentversion/windows/load
hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/policies/explorer/run
hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/runservicesonce
hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/runservices
hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/runonce/setup
hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/runonce
hkey_current_user/software/microsoft/windows/currentversion/run
hkey_local_machine/software/microsoft/windowsnt/currentversion/winlogon/userinit
hkey_local_machine/software/microsoft/windows/currentversion/policies/explorer/run
hkey_local_machine/software/microsoft/windows/currentversion/runservicesonce
hkey_local_machine/software/microsoft/windows/currentversion/runservices
hkey_local_machine/software/microsoft/windows/currentversion/runonce/setup
hkey_local_machine/software/microsoft/windows/currentversion/runonce
hkey_local_machine/software/microsoft/windows/currentversion/runonceex
hkey_local_machine/software/microsoft/windows/currentversion/run
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